FreeBSD 上运行 Chromium 时，自体并不是按照 GTK 或 fontconfig 的配置。测试了一下，发现似乎与 LC_CTYPE 有关（暂时还没时间调试来看具体为什么），但是 LC_CTYPE 如果不设的话， SCIM 又不能用。

看了文档，发现 SCIM 不能用是个误解。可以如此令其在 en_US.UTF-8 中激活：

首先，编辑 /usr/local/etc/gtk-2.0/gtk.immodules，找到其中的 scim 部分：

"/usr/local/lib/gtk-2.0/immodules/im-scim.so" 
"scim" "SCIM Input Method" "scim" "/usr/local/share/locale" "ja:ko:zh" 

改为：

"/usr/local/lib/gtk-2.0/immodules/im-scim.so" 
"scim" "SCIM Input Method" "scim" "/usr/local/share/locale" "__en:__ja:ko:zh" 

然后，将 LC_CTYPE 设为 en_US.UTF-8 即可。不过，这只是 workaround，具体 Chromium 为什么会这样，还需要继续研究。